火影忍者手游副本系统分为普通、精英和挑战三种难度，每种副本都有独特的机制和奖励。普通副本适合新手熟悉剧情和基础操作，主要获取经验、金币和基础装备；精英副本难度提升，需要针对性搭配忍者阵容和技能组合；挑战副本则考验玩家对忍者特性、属性克制和战斗节奏的精准把控。高效通关的核心在于根据副本类型调整战术，普通副本注重速通效率，精英副本强调属性克制，挑战副本则需要精确计算技能CD和资源管理。
合理搭配忍者阵容是通关高级副本的关键。输出型角色如宇智波鼬、漩涡鸣人负责主力伤害，治疗型角色如春野樱和纲手保障团队生存，控制型角色通过限制敌人行动创造输出窗口。针对高防御敌人需选用千鸟刀等破防技能，面对群体敌人则优先配置AOE忍术。战力达标前不建议越级挑战，建议优先强化主力忍者的装备等级和技能品质，普通副本达到三星评价可开启扫荡功能节省时间。
战斗技巧方面需掌握奥义点管理、替身术时机和地形利用。奥义释放时的无敌帧可规避致命伤害，替身后15秒冷却期内需调整站位。极境副本中要观察敌人行动顺序，优先击杀治疗单位或控制核心。金角银角等BOSS战需破除封印之力后再集中输出，佩恩阶段则要快速清理分身避免被包围。连招衔接时注意浮空、平地和倒地三种状态的伤害加成差异。
每日优先完成精英副本碎片收集，忍界大战团本需团队配合分配路线。扫荡券用于重复刷取材料本，金币重点投资忍者升星和秘卷升级。活动副本如忍界大战要注意阶段转换机制，尾兽化金角需击败白绝破除防御。战力不足时可通过强化装备、通灵兽和天赋系统补足差距，但需避免资源过度分散培养。
永恒万花筒佐助的须佐能乎适合应对爆发伤害，飞雷神之术可快速切入后排，秽土转生忍者拥有特殊复活机制。注意副本环境特效如熔岩区域持续掉血，利用墙角可规避远程攻击。秘卷选择遵循控制补输出，输出补生存原则，风杀阵聚怪配合高爆发忍术能快速清场。
