在口袋妖怪火红中开启二周目的关键条件是完成一周目主线剧情并击败四大天王及冠军。通关后系统会自动存档，重新读取该存档即可进入二周目内容。游戏会保留一周目获得的宝可梦、道具和图鉴数据，但剧情会从主角家门口重新开始，大木博士会主动出现并检查玩家的图鉴收集进度。
若玩家已收服超过60种宝可梦，大木博士会将图鉴升级为全国图鉴模式。这是触发后续七岛剧情的重要前置条件。之后前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时离开，需要前往枯叶市乘船前往一之岛。在一之岛的精灵中心会遇到之前修理机器的NPC，得知需要寻找红宝石来修复设备。这个任务标志着二周目核心剧情的正式开始。
前往灯火山是获取红宝石的关键步骤。在灯火山右侧会遇到两名火箭队余党，击败他们后进入洞穴深处即可找到红宝石。将红宝石带回给一之岛的NPC后，会得知还需要寻找对应的蓝宝石，同时获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。这个阶段玩家需要依次探索各个岛屿，包括在四之岛帮助冰系天王科拿对抗火箭队，以及在五之岛和六之岛解决密码仓库事件。
最终在六之岛的洞穴深处找到蓝宝石时会被NPC抢走，需要前往五之岛的火箭队仓库夺回。完成这个任务后返回一之岛交付宝石，即可完全修复通讯设备，解锁与宝石版游戏的联机功能。玩家可以自由探索七之岛的训练师之塔和遗迹区域，同时有机会捕捉三神鸟和超梦等传说宝可梦，这些内容构成了二周目的完整体验。
二周目整体流程相比一周目更注重探索和解谜，玩家需要仔细搜索每个岛屿的隐藏区域，合理运用冲浪、碎岩等秘传技能。部分关键道具如HM07攀瀑也需要在特定剧情中获取。二周目新增的传说宝可梦等级较高，建议提前准备足够的高级球和状态异常技能，并在战斗前做好存档工作。
